LE ORIGINI
Le fonti documentarie certe non ci indicano l'epoca della fondazione della fortezza ma testimoniano che la Rocca esisteva sicuramente prima dell'anno Mille. Infatti la prima menzione del Castello della Verruca si ha in un documento del 21 Luglio del 996 , giorno in cui l'Imperatore Ottone III conferma a Majone, abate di S.Salvatore di Sesto, tutti quei beni che l'abbazia possedeva precedentemente tra i quali è citata anche la Verruca "... Rocca etiam que dicitur Verruca ... " e l'abbazia di San Michele alla Verruca.

Si viene quindi a delineare sin da prima dell'anno Mille un importante nucleo costituito da due distinti insediamenti : la Rocca posta sulla sommità del colle e la Chiesa di S. Michele Arcangelo posta alla base dello stesso.
E' ipotizzabile che attorno a queste importanti strutture si sia ben presto sviluppato un borgo, di cui rimane traccia in documentazioni successive le cui strutture erano visibili perlomeno sino agli inizi del nostro secolo.
Altro importante documento è quello redatto a Bamberga il 25 Aprile dell'anno 1020 dall'imperatore Enrico II, che conferma a Benedetto abate di S. Salvatore di Sesto i possessi del monastero e tutte le sue dipendenze tra le quali viene menzionata la Rocca della Verruca "Roccam quae dicitur Verruca ". E' del 1192 un registro di censi della Chiesa Romana in cui parlando del Monastero della Verruca viene nominata la fortezza "..et pro quodam campo juxta Rocam".  
Riveste un certo interesse anche il diploma imperiale del 12 Giugno 1209 che cita entrambi i luoghi che costituiscono il complesso abitativo della Verruca e deputa il castello " Verruca arcem " alla custodia del Monastero, rafforzando ancora di più il legame che doveva intercorrere tra la fortezza ed il luogo di preghiera. Anche Enrico VII, dimorando a Pisa nel 1313 confermando il castello della Verruca alla Repubblica Pisana, nomina entrambi i siti " Monasterium Sancti Michaelis Archangeli situm infra Castellum, quod dicitur Verruca" .

 

LA VERRUCA NELLE GUERRE TRA PISA E FIRENZE

Per la storia successiva del sito è opportuno, a questo punto, fare riferimento all'opera degli storici che a partire dal Rinascimento hanno narrato le vicende belliche che si sono svolte attorno alla Verruca. Risultano molto preziosi tre scrittori cinquecenteschi, P. Giovio, S. Ammirato e L. Sfrenati che nelle loro opere raccontano della Verruca, che per forza di cose fu protagonista di scontri ed assedi. Si viene così a sapere che la prima volta che cadde in mano fiorentina fu nel 1404, a seguito di un tradimento del signore di Pisa Gabriello M. Visconti che la vendette ai nemici.
Fu riconquistata nel 1431 da Niccolò Piccinino, capitano al soldo dei visconti di Milano 'il secondo giorno di primavera, Niccolò Piccinino comparve nel lucchese ed inoltrato nel pisano si impadronì di Asciano e di tutta la valle di Calci. Due giorni dopo ebbe la Verruca " ; ma nel luglio dello stesso anno i fiorentini poterono riconquistare la Rocca e tenerla fino all'anno 1494 quando, grazie all'intervento di Carlo VIII i Pisani riacquistarono la libertà e rioccuparono tutte le fortezze, compresa la Verruca.

Nonostante i numerosi tentativi di riconquista da parte dei Fiorentini, tra i quali è da ricordare quello del 1498 capeggiato da Paolo Vitelli, la Verruca rimase presidio pisano sino al 1503 quando cadde sotto l'assalto delle truppe francesi guidate dal Capitano del Re di Francia Jacques de Silly, Balì di Caen (citato nelle fonti come Balì d'Occan).
I fiorentini, di nuovo in possesso della fortezza e consci della sua importanza, decisero di fortificarla ulteriormente ed incaricarono del progetto il più famoso ingegnere militare del tempo: Leonardo da Vinci.
Scrive infatti Pier Francesco Tosinghi, commissario del campo fiorentino presso Pisa "Lui stesso [Leonardo] e compagnia arrivò qui e gli mostrammo tutto e noi pensiamo che egli ami molto la Verruca essendo ben adatta al suo gusto... oltretutto disse che stava pensando di renderla inespugnabile, ma per ora era cosa da mettere da parte perchè il maggior bisogno è a Libafatta, la quale non è una piccola impresa da essere sottovalutata. Questa(la Verruca)dovrebbe essere riparata per fornire sufficente protezione e poi essere munita per il perfezionamento richiesto". Leonardo tornò alla Verruca nel mese di luglio del 1503, periodo in cui stava elaborando i suoi progetti per la deviazione dell'Arno e sicuramente scelse come punto di osservazione, del corso del fiume, questo luogo. E" riferibile a questo periodo tutta la serie di vedute dei Monti Pisani e della piana di Pisa contenute nel codice di Madrid II.
Che la Verruca fosse importante lo si deduce anche da una lettera scritta da Niccolò Machiavelli "...pensiamo che subito voi harete già pensato di andare avanti et levarvi dianzi ali ochi la Verrucola, la quale ci è sempre stata una continua molestia et uno impedimento ad codesti nostri luoghi all'intorno, et adiuto non picciolo alli inimici ".
Dello stesso parere il Guicciardini quando scrive "è il sito della Verrucola, piccola fortezza fabbricata sopra un alto monte di molta importanza, perchè vicina a Pisa 5 miglia, non solo è opportuna ad infestare il paese circostante insino sulle porte di quella città, ma ancora a scoprire tutte le cavalcate e genti che n'escono."
Il 17 maggio 1504 si comunica a Firenze che Antonio da Sangallo di ritorno da Ripafratta "farà la via della Verruca per vedere se vi manca nulla " fra luglio ed agosto dello stesso anno vennero inviati alla Verruca, sicuramente per decisione del Sangallo, trenta scarpellini per completare al più presto i lavori cominciati. 
Oggi ad un attento esame delle strutture superstiti, si può rintracciare questo intervento nel cordone a gocciolatoio che corre lungo l'intero perimetro della fortezza, segno di un intervento curato secondo le tecniche più aggiornate, pur nei limiti di un operazione di modeste dimensioni.